Exoma Completo: Síndrome de Noonan y Rasopatías

Información clínica

Las RASopatías son un grupo de enfermedades genéticas causadas por mutaciones en genes que codifican para proteínas de la vía RAS/MAPK. Este grupo de patologías, además del síndrome de Noonan, también incluye: la neurofibromatosis tipo 1, el síndrome de Costello, el síndrome de Legius, el trastorno similar al síndrome de Noonan con pelo anágeno débil, el síndrome de Noonan con múltiples pecas (también conocido como síndrome de Leopard), la cardiofaciocutánea, el síndrome de malformación capilar-arteriovenosa y la fibromatosis gingival hereditaria. Muchos de estos trastornos genéticos comparten características clínicas comunes, como cara anormal, baja estatura, diferentes grados de deterioro cognitivo, anomalías cardiovasculares, anomalías esqueléticas y una predisposición a desarrollar neoplasias benignas y malignas. Sin embargo, se ha observado que los pacientes con RASopatías también pueden presentar diferentes trastornos de la coagulación relacionados con las plaquetas, lo que aumenta el riesgo de sangrado y hematomas.

El estudio genético de estas patologías proporciona información crucial para establecer un diagnóstico preciso y una clasificación exacta. Además, permite llevar a cabo un asesoramiento genético, mejorar el pronóstico y el manejo de estos pacientes, y contribuir a la investigación y el desarrollo de terapias.

Indicación de estudio

Confirmación de la sospecha clínica o analítica de la enfermedad. Esta prueba está especialmente indicada en el caso de enfermedades con diferentes genes candidatos o con un fenotipo sin base genética clara.

Utilidad diagnóstica

Identificar las variantes genéticas relacionadas con la sospecha clínica de un trastorno hemorrágico hereditario.

Método

Secuenciación del exoma completo (Whole Exome Sequencing; WES) para la identificación de variantes patogénicas. El estudio de la WES se basa en la captura de ADN fragmentado, procedente de sangre total, mediante la hibridación de sondas específicas. Esta prueba permite la secuenciación de todo el exoma humano, que comprende las regiones genómicas codificantes (exones) para proteínas y las regiones intrónicas adyacentes de todos los genes. A continuación, se utiliza un panel de genes virtuales seleccionado en función de la patología en estudio (ver apartado panel de genes) para limitar y enfocar el análisis genético a aquellos genes relacionados con el fenotipo del paciente.

Especialmente en el estudio de fenotipos complejos o en el caso de una difícil valoración de las variantes identificadas, se recomienda el análisis de tríos (paciente y dos familiares directos). Esta estrategia puede simplificar y reforzar los análisis, ofreciendo información sobre la herencia de la enfermedad.

Por último, las mutaciones candidatas detectadas por NGS se confirman mediante secuenciación tradicional de Sanger, para obtener un resultado inequívoco. Probablemente será necesario el diseño de cebadores específicos para analizar la región concreta donde se encuentra la variante.

En el caso de no identificar ninguna mutación candidata que pueda causar (o potencialmente causar) la enfermedad, se informará y se discutirá con el equipo médico solicitante la posibilidad de realizar estudios complementarios.

Panel de genes

El estudio genético del síndrome de Noonan y otras RASopatías analiza 27 genes. Los genes del panel se han seleccionado cuidadosamente a partir de la literatura científica, las bases de datos de mutaciones y la experiencia propia. Es importante destacar que este panel se actualiza periódicamente en función de los conocimientos vigentes, lo que permite modificar la selección de genes candidatos y reanalizar los resultados. Sin embargo, a solicitud del facultativo responsable, se pueden analizar otros genes que no están contemplados en el panel virtual y que pueden estar relacionados con características clínicas específicas. Esto es posible gracias a la secuenciación completa del exoma.

Limitaciones

Esta prueba no detecta:

• Variantes estructurales como inversiones complejas
• Conversiones genéticas
• Translocaciones equilibradas
• Expansiones repetitivas de nucleótidos
• Variants en regiones intrónicas profundas.

Es posible que esta prueba no detecte de manera fiable:

• Indels superiores a 50 pb
• Supresiones o duplicaciones de exones únicos
• Variants dentro de regiones pseudogénicas/segmentos duplicados.

Valores de referencia

No aplica

Algoritmo diagnóstico

No aplica

Tiempo de respuesta

8 semanas

Información sobre el espécimen

Muestra: Sangre total

Tubo: Tubo EDTA K3 de 5-10 ml si se trata de una muestra de sangre

Volumen mínimo imprescindible: 3 ml

Estabilidad:

• A temperatura ambiente: 4 días
• En refrigeración: 10 días

Instrucciones de transporte: Preferiblemente a temperatura ambiente

Motivo de rechazo: Muestra coagulada y/o incorrectamente identificada

Otros tipos de muestras aceptadas:

• DNA purificado: mínimo 300 ng (30 ng/µL). El volumen recomendado es un mínimo de 60 µl
• Mucosa bucal: contactar con el laboratorio para consultar especificaciones de recogida de la muestra

Información administrativa

Código BST: LRD2829

Descripción de la prueba: Estudio Exoma Completo

Sinónimos: Secuenciación del exoma completo, WES, estudio molecular de enfermedades con base genética.

Sección: Coagulopatías Congénitas

Tarifa BST: Consulte las tarifas actualizadas haciendo clic aquí.

En la hoja de petición de estudio molecular se debe marcar la casilla Otros, especificar que se desea estudiar el exoma completo y completar (adjuntar) los datos fenotípicos de los que se disponga.

Referencias

• Longo JF, Carroll SL. The RASopathies: Biology, genetics and therapeutic options. Adv Cancer Res. 2022;153:305-341. doi: 10.1016/bs.acr.2021.07.007. Epub 2021 Aug 7. PMID: 35101235.
• Di Candia F, Marchetti V, Cirillo F, Di Minno A, Rosano C, Pagano S, Siano MA, Falco M, Assunto A, Boccia G, Magliacane G, Pinna V, De Luca A, Tartaglia M, Di Minno G, Strisciuglio P, Melis D. RASopathies and hemostatic abnormalities: key role of platelet dysfunction. Orphanet J Rare Dis. 2021 Dec 2;16(1):499. doi: 10.1186/s13023-021-02122-7. PMID: 34857025; PMCID: PMC8638204.
• Human Molecular Genetics, Volume 25, Issue R2, 1 October 2016, Pages R123-R132, https://doi.org/10.1093/hmg/ddw191
• Aoki Y, Niihori T, Inoue S, Matsubara Y. Recent advances in RASopathies. J Hum Genet. 2016 Jan;61(1):33-9. doi: 10.1038/jhg.2015.114. Epub 2015 Oct 8. PMID: 26446362.
• Protocolo Nextera Flex for Enrichment Reference Guide (1000000048041) de Illumina.

Base de dades de mutacions

• Human Gene Mutation Database: http://www.hgmd.cf.ac.uk
• Leiden Open Variation Database: https://databases.lovd.nl/shared/genes
• Genome Aggregation Database: https://gnomad.broadinstitute.org
• 1000 Genomes Database: https://www.internationalgenome.org