Información clínica
Los trastornos congénitos de la glicosilación (CDG, del inglés Congenital Disorders of Glycosylation) son un grupo genético y clínicamente heterogéneo que incluye más de 100 patologías causadas por mutaciones en genes que codifican enzimas implicadas en el proceso de glicosilación. Este proceso consiste en la adición de bloques de azúcar, llamados glicanos, a las proteínas y lípidos de las células de todo el cuerpo. En líneas generales, actualmente los CDG se clasifican en cuatro categorías: (I) Glicosilación de proteínas ligada a N, (II) Glicosilación de proteínas ligada a O, (III) Glicosilación múltiple combinada ligada a N y O, y (IV) Defecto de biosíntesis de unión a lípidos y glicosilfosfatidilinositol (GPI). Típicamente se presentan con manifestaciones multisistémicas, más frecuentemente retraso del desarrollo, fallo de crecimiento, hipotonía, anomalías neurológicas, hepatopatía y coagulopatía.
El estudio genético de estas patologías proporciona información crucial para establecer un diagnóstico preciso y una clasificación exacta. Adicionalmente, permite llevar a cabo un asesoramiento genético, mejorar el pronóstico y manejo de estos pacientes, y contribuir a la investigación y al desarrollo de terapias.
Indicación de estudio
Confirmación de la sospecha clínica o analítica de la patología. Esta prueba está especialmente indicada en el caso de enfermedades con diferentes genes candidatos o con un fenotipo sin base genética clara.
Utilidad diagnóstica
Identificar las variantes genéticas relacionadas con sospecha clínica de un trastorno hemorrágico hereditario.
Método
Secuenciación del exoma completo (Whole Exome Sequencing; WES) para la identificación de variantes patogénicas. El estudio de la WES se basa en la captura de ADN fragmentado, proveniente de sangre total, a través de la hibridación de sondas específicas. Esta prueba permite la secuenciación de todo el exoma humano, que comprende las regiones genómicas codificantes (exones) para proteínas y las regiones intrónicas flanqueantes de todos los genes. A continuación, se utiliza un panel de genes virtual seleccionado en función de la patología de estudio (ver apartado panel de genes) para limitar y acotar el análisis genético a aquellos genes relacionados con el fenotipo del paciente.
Especialmente en el estudio de fenotipos complejos o en el caso de una difícil valoración de las variantes identificadas se recomienda el análisis de tríos (paciente y dos familiares directos). Esta estrategia puede simplificar y reforzar los análisis, ofreciendo información sobre la herencia de la enfermedad.
Por último, la/s mutación/es candidatas detectadas por NGS se recomprueban por secuenciación tradicional de Sanger, para llegar a un resultado inequívoco. Probablemente será necesario el diseño de cebadores específicos para analizar la región concreta donde se encuentra la variante.
En el caso de no identificar ninguna mutación candidata a ser causante (o potencialmente causante) de la patología se informará y discutirá con el equipo médico solicitante la posibilidad de realizar estudios complementarios.
Panel de genes
El estudio genético de los CDG analiza 141 genes. Los genes del panel se han seleccionado cuidadosamente a partir de la literatura científica, las bases de datos de mutaciones y la experiencia propia. Es importante destacar que este panel se actualiza periódicamente en función de los conocimientos vigentes permitiendo modificar la selección de genes candidatos y reanalizar los resultados. Sin embargo, bajo petición del facultativo responsable, se pueden analizar otros genes que no se contemplan en el panel virtual y que pueden estar relacionados con características clínicas determinadas. Esto es posible gracias a la secuenciación completa del exoma.
... (la resta de la taula continua igual)
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Trastornos congénitos de la glicosilación |
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ALDOB |
B4GAT1 |
EOGT |
MAGT1 |
PIGT |
SLC35C1 |
Limitaciones
Esta prueba no detecta:
- Variants estructurales como inversiones complejas
- Conversiones genéticas
- Translocaciones equilibradas
- Expansions repetitivas de nucleótidos
- Variants en regions intrónicas profundas
Es posible que esta prueba no detecte de manera fiable:
- Indels superiores a 50 pb
- Supresiones o duplicaciones de exones únicos
- Variants dentro de regions pseudogénicas/segments duplicados.
Valores de referencia
No aplica
Algoritmo diagnóstico
No aplica
Tiempo de respuesta
8 semanas
Información sobre el espécimen
Muestra: Sangre total
Tubo: Tubo EDTA K3 de 5-10 ml si se trata de una muestra de sangre
Volumen mínimo imprescindible: 3 ml
Estabilidad:
- A temperatura ambiente: 4 días
- En refrigeración: 10 días
Instrucciones de transporte: Preferiblemente a temperatura ambiente
Motivo de rechazo: Muestra coagulada y/o incorrectamente identificada
Otros tipos de muestras aceptadas:
- DNA purificado: mínimo 300 ng (30 ng/μL). El volumen recomendado es un mínimo de 60 μl
- Mucosa bucal: contactar con el laboratorio para consultar las especificaciones de recogida
Información administrativa
Código BST: LRD2829
Descripción de la prueba: Estudio Exoma Completo
Sinónimos: Secuenciación del exoma completo, WES, estudio molecular de enfermedades con base genética.
Sección: Coagulopatías Congénitas
Tarifa BST: Consultar las tarifas actualizadas haciendo clic aquí.
En la hoja de petición de estudio molecular se debe marcar la casilla Otros, especificar que se quiere estudiar el exoma completo y completar (adjuntar) los datos fenotípicos disponibles.
Referencias
- https://www.mayoclinic.org/es/departments-centers/clinical-genomics/overview/specialty-groups/cdg-clinic
- Francisco R, Brasil S, Poejo J, Jaeken J, Pascoal C, Videira PA, Dos Reis Ferreira V. Congenital disorders of glycosylation (CDG): state of the art in 2022. Orphanet J Rare Dis. 2023 Oct 19;18(1):329. doi: 10.1186/s13023-023-02879-z. PMID: 37858231; PMCID: PMC10585812.
- Protocolo Nextera Flex for Enrichment Reference Guide (1000000048041) de Illumina.
Base de dades de mutacions
- Human Gene Mutation Database: http://www.hgmd.cf.ac.uk
- Leiden Open Variation Database: https://databases.lovd.nl/shared/genes
- Genome Aggregation Database: https://gnomad.broadinstitute.org
- 1000 Genomes Database: https://www.internationalgenome.org