Exoma Completo: Trastornos hereditarios del tejido conectivo

Información clínica

Los trastornos hereditarios del tejido conectivo (HDTC, del inglés Heritable Disorders of Connective Tissue) están causados por defectos en los genes que codifican para componentes primarios del tejido conectivo, como el colágeno y la elastina. En general, los HDTC son un grupo complejo clínica y genéticamente que comprende diferentes subtipos y se caracteriza por hipermovilidad articular, hiperextensibilidad de la piel y fragilidad tisular asociada también a sangrado mucocutáneo. Algunos de los HDTC más conocidos son: Síndromes de Ehlers Danlos (que tiene 13 subtipos diferentes), Síndrome de Marfan y similar, Síndrome de Loeys Dietz, Osteogénesis imperfecta y Síndrome de Stickler.

Los HDTC pueden estar asociados a un mayor riesgo hemorrágico debido a la fragilidad de los tejidos conectivos en la piel, los tejidos subcutáneos y las paredes de los vasos sanguíneos. Esta fragilidad puede perturbar las barreras anatómicas o fisiológicas normales contra el sangrado, lo que resulta en una mayor propensión a los hematomas y hemorragias.

El estudio genético de estas patologías proporciona información crucial para establecer un diagnóstico preciso y una clasificación exacta. Además, permite llevar a cabo un asesoramiento genético, mejorar el pronóstico y manejo de estos pacientes, y contribuir a la investigación y al desarrollo de terapias.

Indicación de estudio

Confirmación de la sospecha clínica o analítica de la patología. Esta prueba está especialmente indicada en el caso de enfermedades con diferentes genes candidatos o con un fenotipo sin base genética clara.

Utilidad diagnóstica

Identificar las variantes genéticas relacionadas con la sospecha clínica de un trastorno hemorrágico hereditario.

Método

Secuenciación del exoma completo (Whole Exome Sequencing; WES) para la identificación de variantes patogénicas. El estudio de la WES se basa en la captura de ADN fragmentado, proveniente de sangre total, a partir de la hibridación de sondas específicas. Esta prueba permite la secuenciación de todo el exoma humano, que comprende las regiones genómicas codificantes (exones) para proteínas y las regiones intrónicas adyacentes de todos los genes. A continuación, se utiliza un panel de genes virtuales seleccionados en función de la patología en estudio (ver apartado panel de genes) para limitar y acotar el análisis genético a aquellos genes relacionados con el fenotipo del paciente.

Especialmente en el estudio de fenotipos complejos o en el caso de una difícil valoración de las variantes identificadas se recomienda el análisis de tríos (paciente y dos familiares directos). Esta estrategia puede simplificar y reforzar los análisis, proporcionando información sobre la herencia de la enfermedad.

Por último, la/las mutación/es candidatas detectadas por NGS se reconfirman por secuenciación tradicional de Sanger, para llegar a un resultado inequívoco. Probablemente será necesario el diseño de cebadores específicos para analizar la región concreta donde se encuentra la variante.

En caso de no identificar ninguna mutación candidata a ser causante (o potencialmente causante) de la patología se informará y discutirá con el equipo médico solicitante la posibilidad de realizar estudios complementarios.

Panel de genes

El estudio genético de los HDTC analiza 93 genes. Los genes del panel se han seleccionado cuidadosamente a partir de la literatura científica, las bases de datos de mutaciones y la experiencia propia. Es importante destacar que este panel se actualiza periódicamente en función de los conocimientos vigentes permitiendo modificar la selección de genes candidatos y reanalizar los resultados. Sin embargo, bajo petición del facultativo responsable, se pueden analizar otros genes que no se contemplan en el panel virtual y que pueden estar relacionados con características clínicas determinadas. Esto es posible gracias a la secuenciación completa del exoma.

Información sobre el espécimen

Muestra: Sangre total

Tubo: Tubo EDTA K3 de 5-10 ml si se trata de una muestra de sangre

Volumen mínimo imprescindible: 3 ml

Estabilidad:

• A temperatura ambiente: 4 días
• En refrigeración: 10 días

Instrucciones de transporte: Preferiblemente a temperatura ambiente

Motivo de rechazo: Muestra coagulada y/o incorrectamente identificada

Otros tipos de muestras aceptadas:

• DNA purificado: mínimo 300 ng (30 ng/μL). El volumen recomendado es un mínimo de 60 μL
• Mucosa bucal: contactar con el laboratorio para consultar especificaciones de recolección de la muestra

Información administrativa

Código BST: LRD2829

Descripción de la prueba: Estudio Exoma Completo

Sinónimos: Secuenciación del exoma completo, WES, estudio molecular de enfermedades con base genética.

Sección: Coagulopatías Congénitas

Tarifa BST: Consulte las tarifas actualizadas haciendo clic aquí.

En la hoja de petición de estudio molecular se debe marcar la casilla Otros, especificar que se desea estudiar el exoma completo y completar (adjuntar) los datos fenotípicos de los que se disponga.

Referencias

• VanderJagt K, Butler MG. Ehlers-Danlos syndrome and other heritable connective tissue disorders that impact pregnancies can be detected using next-generation DNA sequencing. Arch Gynecol Obstet. 2019 Sep;300(3):491-493. doi: 10.1007/s00404-019-05226-5. Epub 2019 Jun 27. PMID: 31250196; PMCID: PMC8034485.

• Ritelli M, Colombi M. Molecular Genetics and Pathogenesis of Ehlers-Danlos Syndrome and Related Connective Tissue Disorders. Genes (Basel). 2020 May 13;11(5):547. doi: 10.3390/genes11050547. PMID: 32414079; PMCID: PMC7288446.

• Ellington M, Francomano CA. Chiari I Malformations and the Heritable Disorders of Connective Tissue. Neurosurg Clin N Am. 2023 Jan;34(1):61-65. doi: 10.1016/j.nec.2022.09.001. PMID: 36424065.

• Malfait F, Francomano C, Byers P, Belmont J, Berglund B, Black J, Bloom L, Bowen JM, Brady AF, Burrows NP, Castori M, Cohen H, Colombi M, Demirdas S, De Backer J, De Paepe A, Fournel-Gigleux S, Frank M, Ghali N, Giunta C, Grahame R, Hakim A, Jeunemaitre X, Johnson D, Juul-Kristensen B, Kapferer-Seebacher I, Kazkaz H, Kosho T, Lavallee ME, Levy H, Mendoza-Londono R, Pepin M, Pope FM, Reinstein E, Robert L, Rohrbach M, Sanders L, Sobey GJ, Van Damme T, Vandersteen A, van Mourik C, Voermans N, Wheeldon N, Zschocke J, Tinkle B. The 2017 international classification of the Ehlers-Danlos syndromes. Am J Med Genet C Semin Med Genet. 2017 Mar;175(1):8-26. doi: 10.1002/ajmg.c.31552. PMID: 28306229.

• Protocolo Nextera Flex for Enrichment Reference Guide (1000000048041) de Illumina.

Base de dades de mutacions

• Human Gene Mutation Database: http://www.hgmd.cf.ac.uk

• Leiden Open Variation Database: https://databases.lovd.nl/shared/genes

• Genome Aggregation Database: https://gnomad.broadinstitute.org

• 1000 Genomes Database: https://www.internationalgenome.org