Exoma Completo: Trastornos plaquetarios congénitos

Información clínica

Los Trastornos plaquetarios congénitos (TPC) son un grupo heterogéneo de enfermedades raras causadas por mutaciones en genes relacionados con la formación y/o función de las plaquetas. Los TPC más comunes incluyen el Síndrome de Bernard Soulier, causado por mutaciones en GP1BA, GP1BB y GP9, y la Trombastenia de Glanzman, causada por mutaciones en ITGA2B y ITGB3. Actualmente, se han reconocido alrededor de 60 tipos de TPC causados por defectos moleculares en más de 70 genes diferentes. Los TPC alteran la hemostasia primaria y están asociados con una mayor susceptibilidad al sangrado. Pueden manifestarse con un amplio espectro de síntomas hemorrágicos siendo el más común el sangrado mucocutáneo como la epistaxis o la menorragia. Además, algunos TPC pueden asociarse con características sindrómicas específicas, como la pérdida auditiva, la enfermedad renal o el albinismo, mientras que otros pueden predisponer al desarrollo de tumores malignos.

El estudio genético de estas patologías proporciona información crucial para establecer un diagnóstico preciso y una clasificación exacta. Además, permite llevar a cabo un asesoramiento genético, mejorar el pronóstico y manejo de estos pacientes, y contribuir a la investigación y al desarrollo de terapias.

Indicación de estudio

Confirmación de la sospecha clínica o analítica de la patología. Esta prueba está especialmente indicada en el caso de enfermedades con diferentes genes candidatos o con un fenotipo sin base genética clara.

Utilidad diagnóstica

Identificar las variantes genéticas relacionadas con la sospecha clínica de un trastorno hemorrágico hereditario.

Método

Secuenciación del exoma completo (Whole Exome Sequencing; WES) para la identificación de variantes patogénicas. El estudio del WES se basa en la captura de ADN fragmentado, proveniente de sangre total, a partir de la hibridación de sondas específicas. Esta prueba permite la secuenciación de todo el exoma humano, que comprende las regiones genómicas codificantes (exones) para proteínas y las regiones intrónicas adyacentes de todos los genes. A continuación, se utiliza un panel de genes virtuales seleccionados en función de la patología en estudio (ver apartado panel de genes) para limitar y acotar el análisis genético a aquellos genes relacionados con el fenotipo del paciente.

Especialmente en el estudio de fenotipos complejos o en el caso de una difícil valoración de las variantes identificadas se recomienda el análisis de tríos (paciente y dos familiares directos). Esta estrategia puede simplificar y reforzar los análisis, ofreciendo información sobre la herencia de la enfermedad.

Por último, la/s mutación/es candidatas detectadas por NGS se vuelven a confirmar mediante secuenciación tradicional de Sanger, para llegar a un resultado inequívoco. Probablemente será necesario el diseño de cebadores específicos para analizar la región concreta donde se encuentra la variante.

En el caso de no identificar ninguna mutación candidata a ser causante (o potencialmente causante) de la patología se informará y discutirá con el equipo médico solicitante la posibilidad de realizar estudios complementarios.

Panel de genes

El estudio genético de los TPC analiza 87 genes. Los genes del panel se han seleccionado cuidadosamente a partir de la literatura científica, las bases de datos de mutaciones y la experiencia propia. Es importante destacar que este panel se actualiza periódicamente en función de los conocimientos vigentes permitiendo modificar la selección de genes candidatos y reanalizar los resultados. No obstante, bajo petición del facultativo responsable, se pueden analizar otros genes que no se contemplan en el panel virtual y que pueden estar relacionados con características clínicas determinadas. Esto es posible gracias a la secuenciación completa del exoma.

Información sobre el espécimen

Muestra: Sangre total

Tubo: Tubo EDTA K3 de 5-10 ml si se trata de una muestra de sangre

Volumen mínimo imprescindible: 3 ml

Estabilidad:

• Temperatura ambiente: 4 días
• En refrigeración: 10 días

Instrucciones de transporte: Preferiblemente a temperatura ambiente

Motivo de rechazo: Muestra coagulada y/o incorrectamente identificada

Otros tipos de muestras aceptadas:

• DNA purificado: mínimo 300 ng (30 ng/µL). El volumen recomendado es un mínimo de 60 µl
• Mucosa bucal: contactar con el laboratorio para consultar especificaciones de recogida de la muestra

Información administrativa

Código BST: LRD2829

Descripción de la prueba: Estudio Exoma Completo

Sinónimos: Secuenciación del exoma completo, WES, estudio molecular de enfermedades con base genética.

Sección: Coagulopatías Congénitas

Tarifa BST: Consulte las tarifas actualizadas clicando aquí.

En la hoja de petición de estudio molecular se debe marcar la casilla Otros, especificar que se desea estudiar el exoma completo y completar (adjuntar) los datos fenotípicos de los que se disponga.

Referencias

• Palma-Barqueros V, Revilla N, Sánchez A, Zamora Cánovas A, Rodriguez-Alén A, Marín-Quílez A, González-Porras JR, Vicente V, Lozano ML, Bastida JM, Rivera J. Inherited Platelet Disorders: An Updated Overview. Int J Mol Sci. 2021 Apr 26;22(9):4521. doi: 10.3390/ijms22094521. PMID: 33926054; PMCID: PMC8123627.
• Protocolo Nextera Flex for Enrichment Reference Guide (1000000048041) de Illumina.

Base de dades de mutacions

• Human Gene Mutation Database: http://www.hgmd.cf.ac.uk
• Leiden Open Variation Database: https://databases.lovd.nl/shared/genes
• Genome Aggregation Database: https://gnomad.broadinstitute.org
• 1000 Genomes Database: https://www.internationalgenome.org