Información clínica
Utilidad diagnóstica:
Identificar las variantes genéticas relacionadas con una enfermedad o trastorno hemostático.
El estudio del exoma completo (Whole Exome Sequencing; WES) se basa en la captura de ADN fragmentado, proveniente de sangre total, a partir de la hibridación de sondas específicas. Esta prueba permite la secuenciación de todo el exoma humano, que comprende las regiones genómicas codificantes para proteínas y contiene aproximadamente el 85% de las variantes conocidas causantes de enfermedad. Este diseño presenta ventajas coste-beneficio respecto a otras técnicas de secuenciación con paneles de genes, dado que permite actualizar la selección de genes candidatos y reanalizar los resultados en función de los conocimientos vigentes.
Esta prueba está especialmente indicada en el caso de enfermedades con diferentes genes candidatos o con un fenotipo sin base genética clara. La aplicación principal es el diagnóstico de diátesis hemorrágicas de base genética heterogénea o poco conocida como es el caso de los trastornos plaquetarios hereditarios, los defectos congénitos de glicosilación o los déficits del tejido conectivo. Dado que este enfoque puede utilizarse en el diagnóstico de diferentes enfermedades, pueden consultar su aplicación con el responsable del laboratorio.
Especialmente en el estudio de fenotipos complejos o en el caso de una difícil valoración de las variantes identificadas se recomienda el análisis de tríos (paciente y dos familiares directos). Esta estrategia puede simplificar y reforzar los análisis, ofreciendo información sobre la herencia de la enfermedad.
Método:
Secuenciación masiva de los exones y las regiones intrónicas flanqueantes de todos los genes.
Secuenciación tradicional de Sanger para confirmar la/s mutación/es candidatas detectadas por NGS en los pacientes, para llegar a un resultado inequívoco. Probablemente será necesario el diseño de cebadores específicos para analizar la región concreta donde se encuentra la variante.
En el caso de no identificar ninguna mutación candidata a ser causante (o potencialmente causante) de la patología se informará y se discutirá con el equipo médico solicitante de la prueba la posibilidad de realizar estudios complementarios.
Valores de referencia
No aplica
Algoritmo diagnóstico:
No aplica
Tiempo de respuesta:
A concretar
Información sobre el espécimen
Muestra: Sangre total
Tubo: Tubo EDTA K3 5-10 ml si se trata de una muestra de sangre
Volumen mínimo imprescindible: 3 ml
Estabilidad:
- A temperatura ambiente: 4 días
- En refrigeración: 10 días
Instrucciones de transporte: Preferiblemente a temperatura ambiente
Motivo de rechazo: Muestra coagulada y/o incorrectamente identificada.
Otros tipos de muestras aceptadas:
- ADN purificado, mínimo 300 ng (30 ng/µL)
- Mucosa bucal: contactar con el laboratorio para consultar especificaciones de recogida de la muestra.
Información administrativa
Código BST: LRD2829
Descripción de la prueba: Exoma completo
Sinónimos: Secuenciación del exoma completo, WES, estudio molecular de enfermedades con base genética.
Sección: Coagulopatías Congénitas
Tarifa BST: Consulta las tarifas actualizadas aquí.
En el formulario de solicitud de estudio molecular se debe marcar la casilla Otros, especificar que se quiere estudiar el exoma completo y completar (adjuntar) los datos fenotípicos de los que se disponga.
Perfiles:
No aplica.
Referencias
- LaDuca H, Farwell KD, Vuong H, Lu HM, Mu W, Shahmirzadi L, Tang S, Chen J, Bhide S, Chao EC. Exome sequencing covers >98% of mutations identified on targeted next generation sequencing panels. PLoS One. 2017;12(2):e0170843.
- Protocolo Nextera Flex for Enrichment Reference Guide (1000000048041) de Illumina.
Base de dades de mutacions
- Human Gene Mutation Database: http://www.hgmd.cf.ac.uk
- Leiden Open Variation Database: https://databases.lovd.nl/shared/genes
- Genome Aggregation Database: https://gnomad.broadinstitute.org
- 1000 Genomes Database: https://www.internationalgenome.org