Catàleg de proves

Exoma Complet: Trastorns plaquetaris congènits

Codi: 70830 / LRD2829

Tipus: Estudi de coagulopaties congènites

Informació clínica

Els Trastorns plaquetaris congènits (TPC) són un grup heterogeni de malalties rares causades per mutacions en gens relacionats amb la formació i/o funció de les plaquetes. Els TPC més comuns inclouen la Síndrome de Bernad Soulier, causada per mutacions a GP1BA, GP1BB i GP9, i la Trombastenia de Glanzman, causada per mutacions a ITGA2B i ITGB3. Actualment, s'han reconegut al voltant de 60 tipus de TPC causats per defectes moleculars en més de 70 gens diferents. Els TPC alteren l'hemostàsia primària i estan associats a una major susceptibilitat al sagnat. Es poden manifestar amb un ampli espectre de símptomes hemorràgics sent el més comú el sagnat mucocutani com l'epistaxi o la menorràgia. Addicionalment, alguns TPC es poden associar amb característiques sindròmiques específiques, com la pèrdua auditiva, la malaltia renal o l'albinisme, mentre que altres poden predisposar al desenvolupament de tumors malignes.

L'estudi genètic d'aquestes patologies proporciona informació crucial per establir un diagnòstic precís i una classificació acurada. Addicionalment, permet dur a terme un assessorament genètic, millorar el pronòstic i maneig d'aquests pacients, i contribuir a la investigació i al desenvolupament de teràpies.

Indicació d'estudi

Confirmació de la sospita clínica o analítica de la patologia. Aquesta prova està especialment indicada en el cas de malalties amb diferents gens candidats o amb un fenotip sense base genètica clara.

Utilitat diagnòstica

Identificar les variants genètiques relaciones amb sospita clínica d'un trastorn hemorràgic hereditari.

Mètode

Seqüenciació de l'exoma complet (Whole Exome Sequencing; WES) per a la identificació de variants patogèniques. L'estudi de la WES es basa en la captura de DNA fragmentat, provinent de sang total, a partir de la hibridació de sondes específiques. Aquesta prova permet la seqüenciació de tot l'exoma humà, que comprèn les regions genòmiques codificants (exons) per a proteïnes i les regions intròniques flanquejants de tots els gens. A continuació, s'utilitza un panell de gens virtual seleccionat en funció de la patologia d'estudi (veure apartat panell de gens) per limitar i acotar l'anàlisi genètic a aquells gens relacionats amb el fenotip del pacient.

Especialment en l'estudi de fenotips complexos o en el cas d'una difícil valoració de les variants identificades es recomana l'anàlisi de trios (pacient i dos familiars directes). Aquesta estratègia pot simplificar i reforçar les anàlisis, oferint informació sobre l'herència de la malaltia.

Per últim, la/es mutació/ns candidates detectades per NGS es recomproven per seqüenciació tradicional de Sanger, per tal d'arribar a un resultat inequívoc. Probablement serà necessari el disseny de primers específics per analitzar la regió concreta on es troba la variant.

En el cas de no identificar cap mutació candidata a ser causant (o potencialment causant) de la patologia s'informarà i discutirà amb l'equip mèdic sol·licitant la possibilitat de realitzar estudis complementaris.

Panell de gens

L'estudi genètic dels TPC analitza 87 gens. El gens del panell s'han seleccionat acuradament a partir de la literatura científica, les bases de dades de mutacions i l'experiència pròpia. Es important destacar que aquest panell s'actualitza periòdicament en funció dels coneixements vigents permetent modificar la selecció de gens candidats i reanalitzar els resultats. Tanmateix, sota petició del facultatiu responsable, es poden analitzar altres gens que no es contemplen al panell virtual i que poden estar relacionats amb característiques clíniques determinades. Això es possible gràcies a la seqüenciació completa de l'exoma.

Panell Trastorns plaquetaris congènits

ABCC4

CDC42

GP1BA

ITGB3

PLAU

STXBP2

ABCG5

CYCS

GP1BB

KDSR

PRKACG

TBXA2R

ABCG8

DIAPH1

GP5

LYST

PTGS1

TBXAS1

ACTB

DTNBP1

GP6

MASTL

PTPRJ

THBD

ACTN1

EFL1

GP9

MECOM

RAP1B

THPO

ADAMTS13

EPHB2

HOXA11

MEIS1

RASGRP2

TPM4

ANKRD26

ETV6

HPS1

MPIG6B

RBM8A

TRPM7

ANO6

FERMT3

HPS3

MPL

RNU4ATAC

TUBA4A

AP3B1

FLI1

HPS4

MYH9

RUNX1

TUBB1

AP3D1

FLNA

HPS5

NBEA

SLFN14

VIPAS39

ARPC1B

FYB1

HPS6

NBEAL2

SRC

VPS33B

BLOC1S3

GATA1

IKZF5

ORAI1

SRP54

VWF

BLOC1S5

GBA

ITGA2

P2RY12

STIM1

WAS

BLOC1S6

GFI1B

ITGA2B

PLA2G4A

STX11

WIPF1

CD36

GNE

GALE

     

Limitacions

Aquesta prova no detecta:

  • Variants estructurals com inversions complexes
  • Conversions genètiques
  • Translocacions equilibrades
  • Expansions repetitives de nucleòtids
  • Variants en regions intròniques profundes.

És possible que aquesta prova no detecti de manera fiable:

  • Indels superiors a 50 pb
  • Supressions o duplicacions d'exons únics
  • Variants dins de regions pseudogèniques/segments duplicats.

Valors de referència

No aplica

Algoritme diagnòstic

No aplica

Temps de resposta

8 setmanes

Informació sobre l’espècimen

Mostra: Sang total

Tub: Tub EDTA K3 5-10 ml si es tracta d'una mostra de sang

Volum mínim imprescindible: 3 ml

Estabilitat:

  • A temperatura ambient: 4 dies
  • En refrigeració: 10 dies

Instruccions de transport: Preferiblement a temperatura ambient

Motiu de rebuig: Mostra coagulada i/o incorrectament identificada

Altres tipus de mostres acceptades:

  • DNA purificat: mínim 300 ng (30 ng/µL). El volum recomanat és un mínim de 60 µl
  • Mucosa bucal: contactar amb el laboratori per consultar especificacions de recollida de la mostra

Informació administrativa

Codi BST: LRD2829

Descripció de la prova: Estudi Exoma Complet

Sinònims: Seqüenciació de l'exoma complet, WES, estudi molecular de malalties amb base genètica.

Secció: Coagulopaties Congènites

Tarifa BST: Consultar les tarifes actualitzades clicant aquí.

Al full de petició d'estudi molecular s'ha de marcar la casella Altres, especificar que es vol estudiar l'exoma complet i omplir (adjuntar) les dades fenotípiques de les que es disposi.

Referències

  • Palma-Barqueros V, Revilla N, Sánchez A, Zamora Cánovas A, Rodriguez-Alén A, Marín-Quílez A, González-Porras JR, Vicente V, Lozano ML, Bastida JM, Rivera J. Inherited Platelet Disorders: An Updated Overview. Int J Mol Sci. 2021 Apr 26;22(9):4521. doi: 10.3390/ijms22094521. PMID: 33926054; PMCID: PMC8123627.
  • Protocolo Nextera Flex for Enrichment Reference Guide (1000000048041) de Illumina.

Base de dades de mutacions

  • Human Gene Mutation Database: http://www.hgmd.cf.ac.uk
  • Leiden Open Variation Database: https://databases.lovd.nl/shared/genes
  • Genome Aggregation Database: https://gnomad.broadinstitute.org
  • 1000 Genomes Database: https://www.internationalgenome.org