Informació clínica
Els Trastorns plaquetaris congènits (TPC) són un grup heterogeni de malalties rares causades per mutacions en gens relacionats amb la formació i/o funció de les plaquetes. Els TPC més comuns inclouen la Síndrome de Bernad Soulier, causada per mutacions a GP1BA, GP1BB i GP9, i la Trombastenia de Glanzman, causada per mutacions a ITGA2B i ITGB3. Actualment, s'han reconegut al voltant de 60 tipus de TPC causats per defectes moleculars en més de 70 gens diferents. Els TPC alteren l'hemostàsia primària i estan associats a una major susceptibilitat al sagnat. Es poden manifestar amb un ampli espectre de símptomes hemorràgics sent el més comú el sagnat mucocutani com l'epistaxi o la menorràgia. Addicionalment, alguns TPC es poden associar amb característiques sindròmiques específiques, com la pèrdua auditiva, la malaltia renal o l'albinisme, mentre que altres poden predisposar al desenvolupament de tumors malignes.
L'estudi genètic d'aquestes patologies proporciona informació crucial per establir un diagnòstic precís i una classificació acurada. Addicionalment, permet dur a terme un assessorament genètic, millorar el pronòstic i maneig d'aquests pacients, i contribuir a la investigació i al desenvolupament de teràpies.
Indicació d'estudi
Confirmació de la sospita clínica o analítica de la patologia. Aquesta prova està especialment indicada en el cas de malalties amb diferents gens candidats o amb un fenotip sense base genètica clara.
Utilitat diagnòstica
Identificar les variants genètiques relaciones amb sospita clínica d'un trastorn hemorràgic hereditari.
Mètode
Seqüenciació de l'exoma complet (Whole Exome Sequencing; WES) per a la identificació de variants patogèniques. L'estudi de la WES es basa en la captura de DNA fragmentat, provinent de sang total, a partir de la hibridació de sondes específiques. Aquesta prova permet la seqüenciació de tot l'exoma humà, que comprèn les regions genòmiques codificants (exons) per a proteïnes i les regions intròniques flanquejants de tots els gens. A continuació, s'utilitza un panell de gens virtual seleccionat en funció de la patologia d'estudi (veure apartat panell de gens) per limitar i acotar l'anàlisi genètic a aquells gens relacionats amb el fenotip del pacient.
Especialment en l'estudi de fenotips complexos o en el cas d'una difícil valoració de les variants identificades es recomana l'anàlisi de trios (pacient i dos familiars directes). Aquesta estratègia pot simplificar i reforçar les anàlisis, oferint informació sobre l'herència de la malaltia.
Per últim, la/es mutació/ns candidates detectades per NGS es recomproven per seqüenciació tradicional de Sanger, per tal d'arribar a un resultat inequívoc. Probablement serà necessari el disseny de primers específics per analitzar la regió concreta on es troba la variant.
En el cas de no identificar cap mutació candidata a ser causant (o potencialment causant) de la patologia s'informarà i discutirà amb l'equip mèdic sol·licitant la possibilitat de realitzar estudis complementaris.
Panell de gens
L'estudi genètic dels TPC analitza 87 gens. El gens del panell s'han seleccionat acuradament a partir de la literatura científica, les bases de dades de mutacions i l'experiència pròpia. Es important destacar que aquest panell s'actualitza periòdicament en funció dels coneixements vigents permetent modificar la selecció de gens candidats i reanalitzar els resultats. Tanmateix, sota petició del facultatiu responsable, es poden analitzar altres gens que no es contemplen al panell virtual i que poden estar relacionats amb característiques clíniques determinades. Això es possible gràcies a la seqüenciació completa de l'exoma.
Panell Trastorns plaquetaris congènits |
|||||
ABCC4 |
CDC42 |
GP1BA |
ITGB3 |
PLAU |
STXBP2 |
ABCG5 |
CYCS |
GP1BB |
KDSR |
PRKACG |
TBXA2R |
ABCG8 |
DIAPH1 |
GP5 |
LYST |
PTGS1 |
TBXAS1 |
ACTB |
DTNBP1 |
GP6 |
MASTL |
PTPRJ |
THBD |
ACTN1 |
EFL1 |
GP9 |
MECOM |
RAP1B |
THPO |
ADAMTS13 |
EPHB2 |
HOXA11 |
MEIS1 |
RASGRP2 |
TPM4 |
ANKRD26 |
ETV6 |
HPS1 |
MPIG6B |
RBM8A |
TRPM7 |
ANO6 |
FERMT3 |
HPS3 |
MPL |
RNU4ATAC |
TUBA4A |
AP3B1 |
FLI1 |
HPS4 |
MYH9 |
RUNX1 |
TUBB1 |
AP3D1 |
FLNA |
HPS5 |
NBEA |
SLFN14 |
VIPAS39 |
ARPC1B |
FYB1 |
HPS6 |
NBEAL2 |
SRC |
VPS33B |
BLOC1S3 |
GATA1 |
IKZF5 |
ORAI1 |
SRP54 |
VWF |
BLOC1S5 |
GBA |
ITGA2 |
P2RY12 |
STIM1 |
WAS |
BLOC1S6 |
GFI1B |
ITGA2B |
PLA2G4A |
STX11 |
WIPF1 |
CD36 |
GNE |
GALE |
Limitacions
Aquesta prova no detecta:
- Variants estructurals com inversions complexes
- Conversions genètiques
- Translocacions equilibrades
- Expansions repetitives de nucleòtids
- Variants en regions intròniques profundes.
És possible que aquesta prova no detecti de manera fiable:
- Indels superiors a 50 pb
- Supressions o duplicacions d'exons únics
- Variants dins de regions pseudogèniques/segments duplicats.
Valors de referència
No aplica
Algoritme diagnòstic
No aplica
Temps de resposta
8 setmanes
Informació sobre l’espècimen
Mostra: Sang total
Tub: Tub EDTA K3 5-10 ml si es tracta d'una mostra de sang
Volum mínim imprescindible: 3 ml
Estabilitat:
- A temperatura ambient: 4 dies
- En refrigeració: 10 dies
Instruccions de transport: Preferiblement a temperatura ambient
Motiu de rebuig: Mostra coagulada i/o incorrectament identificada
Altres tipus de mostres acceptades:
- DNA purificat: mínim 300 ng (30 ng/µL). El volum recomanat és un mínim de 60 µl
- Mucosa bucal: contactar amb el laboratori per consultar especificacions de recollida de la mostra
Informació administrativa
Codi BST: LRD2829
Descripció de la prova: Estudi Exoma Complet
Sinònims: Seqüenciació de l'exoma complet, WES, estudi molecular de malalties amb base genètica.
Secció: Coagulopaties Congènites
Tarifa BST: Consultar les tarifes actualitzades clicant aquí.
Al full de petició d'estudi molecular s'ha de marcar la casella Altres, especificar que es vol estudiar l'exoma complet i omplir (adjuntar) les dades fenotípiques de les que es disposi.
Referències
- Palma-Barqueros V, Revilla N, Sánchez A, Zamora Cánovas A, Rodriguez-Alén A, Marín-Quílez A, González-Porras JR, Vicente V, Lozano ML, Bastida JM, Rivera J. Inherited Platelet Disorders: An Updated Overview. Int J Mol Sci. 2021 Apr 26;22(9):4521. doi: 10.3390/ijms22094521. PMID: 33926054; PMCID: PMC8123627.
- Protocolo Nextera Flex for Enrichment Reference Guide (1000000048041) de Illumina.
Base de dades de mutacions
- Human Gene Mutation Database: http://www.hgmd.cf.ac.uk
- Leiden Open Variation Database: https://databases.lovd.nl/shared/genes
- Genome Aggregation Database: https://gnomad.broadinstitute.org
- 1000 Genomes Database: https://www.internationalgenome.org